Los órganos de Dirección del IEEM trabajan bajo los principios de certeza, legalidad, independencia, imparcialidad, máxima publicidad, objetividad, profesionalismo y paridad.
El Consejo General, la Junta General y la Secretaría Ejecutiva son los órganos de Dirección del Instituto Electoral del Estado de México (IEEM), en conjunto, son los encargados de garantizar la transparencia, la imparcialidad y la legalidad de las elecciones de gubernatura, de diputaciones y de ayuntamientos, así como de asegurar que los derechos político-electorales de los ciudadanos sean respetados y puedan ejercerse de manera libre y equitativa.
Por lo que respecta al Consejo General, es el máximo órgano de dirección del IEEM, está integrado por una o un Consejero Presidente y seis Consejeras o Consejeros Electorales con derecho a voz y voto; un Secretario Ejecutivo, y un representante de cada uno de los partidos políticos con registro, mismos que tienen derecho a voz, pero no tienen voto.
Entre las facultades del Consejo se encuentran el registro de candidaturas; la promoción de la cultura política democrática y procurar el cumplimiento de los principios de la institución que son: certeza, legalidad, independencia, imparcialidad, máxima publicidad, objetividad, profesionalismo y paridad.
El Consejo General además debe cuidar que en todas las actividades del IEEM se aplique la perspectiva de género, y tiene la responsabilidad de planificar, organizar, supervisar y vigilar los procesos electorales de gubernatura, ayuntamientos y diputaciones; así como de aprobar el tope de gastos de precampaña y de campaña para los partidos políticos.
Adicionalmente, el Consejo General tiene la encomienda de realizar el cómputo de la elección para declarar su validez, y de expedir la constancia de mayoría en favor de la candidatura que alcance la mayoría de votos.
Por su parte, la Junta General es responsable de proponer al Consejo General las políticas generales y los programas del instituto, como el de Educación Cívica, el de Paridad de Género o los enfocados en la promoción del respeto de los Derechos Humanos de las Mujeres en el ámbito político-electoral.
En cuanto a las responsabilidades de la Secretaría Ejecutiva, esta se hace cargo de ejecutar los acuerdos tomados por el Consejo y la Junta Generales; coordina y supervisa las actividades de los órganos ejecutivos y técnicos del IEEM; vigila el cumplimiento de las políticas generales y de los programas y procedimientos para la consecución de los objetivos institucionales, y da seguimiento al Plan Anual de Actividades, entre otras atribuciones.
